昭和初期。浅草界隈の左官、大工をまとめ信望を一身に集める鳶政は、今は病身で、後取りの小頭の秀次郎が兵役から帰還してくるのを待っていた。そうした時、東京で博覧会が開かれることになり、会場が上野に決った。上野は鳶政の縄張りだったが、博徒阿久根一家が札束をつんで工事の利権を譲れと言ってきた。これを断った鳶政は阿久津の子分三日仏に殺された。阿久津はその上、市の土木局長高見沢と結託し、鳶政傘下の業者を買収してしまった。そんなやり方に、阿久津の代貸し重吉とその妹文代は心を痛めていた。重吉は秀次郎とは親友だった。やがて秀次郎が帰ってきた。そして入札は無事に鳶政一家に落ち、会場建設の大工事が始った。そんな時、音吉が芸者染次を身請けするため大切な纒を質屋の岩源に渡し、それが阿久津の手に渡るという事件が起った。音吉は責任を感じそれを取り返しに行って殺され、染次も阿久津に身を売る約束で纒を取返したが、音吉の後を追って死んだ。秀次郎たちは阿久津への激しい怒りに駆られたものの、今は工事の方が大切と会場建設に全力を注ぐのだった。しかし阿久津たちはそんな鳶政一家に次々と工事の妨害を仕かけてきた。それをじっと耐えていた秀次郎たちだったが、工事現場に放火された時は勘忍袋の緒を切らした。一方、度重なる阿久津の悪どいやり方に重吉は盃を叩き返し、秀次郎の許に駆けつけた。ちょうど秀次郎は、ひとりで殴り込もうとする鳶政のひとり息子明夫を制し、自分で行こうとしていた。かわりに秀次郎と重吉が阿久津一家に殴り込んだ。二人は思う存分暴れ回り、たちまち修羅場と化したが、その中で重吉が三日仏に殺された。しかし、唐獅子牡丹の刺青を背に暴れる秀次郎に、阿久津も三日仏も倒されていった。

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20世纪80年代，横滨中央署刑事课刑警京极浩介（唐泽寿明 饰）沿袭着昭和时代前辈们的粗犷作风，不顾身家性命一次次冲锋在办案现场的最前沿。直到他在一次任务中遭遇爆炸事件，这位热血警察才彻底沉寂下来。他躺在病床上，一睡便是三十年。
转眼来到了21世纪的第十个年头，浩介居然毫无征兆地醒来了，周遭世界天翻地覆的改变已然令他瞠目结舌，周遭人物的变换流转又使他恍如隔世。凭借当年后辈的帮助，浩介回归警队，并且与平成一代的草食系刑警望月亮太（洼田正孝 饰）结成搭档。本就在性格和年龄上存在巨大鸿沟的两个人，加上长达三十年的记忆断层，可以想见他们的组合必然矛盾不断。
这一日，横滨中央警署引入的人工智能引起巨大的事件，甚至导致日本走向毁灭的边缘，为了阻止这场史无前例的危机，京极和望月携手出击！

本片改编自日本作家山田风太郎的同名巨著《甲贺忍法帖》。于2005年9月在日本上映，总投资达15亿日元。
　　1614年德川家康主宰天下期间，两个长久以来处于敌对的忍者村落——伊贺与甲贺，为了维护和平，二方祖先便订立了约定，互不往来但定期比武决胜负。两个忍者村落的个别继承人胧（仲间由纪惠 饰）与弦之介（小田切让 饰）在偶然不知彼此身分之下相遇认识，进而坠入情网，但悲惨的宿命却正等候着他们两人。德川为了确实掌握政权，于是展开政治密谋，挑起两边村落间的冲突与对立，进而消灭对方的种族。此时胧与弦之介将被迫成为敌人，两人必须背负起家族使命展开决斗…

为调查某起神秘事件，葛叶紘汰（佐野岳 饰）潜入诡异凶险的海姆冥界之森调查。途中，他目击一位少年遭到巴丹帝国的怪人袭击。当他正打算变身铠武之际，有一个宛如武士风格的男人突然出现，大喊一声`变身`，随即以假面骑士1号的形象出现，原来他就是传说中的男子本乡猛（藤冈弘 饰）！假面骑士1号以迅雷不及掩耳的速度解决掉身边的怪人，身处昭和和平成的两代正义战士见面，但紘汰对于这个和父亲年龄相仿的传奇假面骑士充满不解。
在此期间，假面骑士decade门矢士（井上正大 饰）正积极联络这个世界上的15名平成假面骑士，他也与紘汰取得了联系。接二连三的恐怖事件显而易见出自巴丹帝国之手，而他们的目的正是毁灭全人类。积极备战的平成骑士遭遇本乡猛率领的昭和骑士战队。本乡猛却认为巴丹帝国的泛滥根源，全与平成假面骑士有关。
两代人，两代战士，双方各执一词，互不相让，最终矛盾升级，假面骑士之间的战争全面爆发。与此同时，巴丹帝国的邪恶计划仍不可遏止地进行当中。随着另两支正义队伍烈车战队特急者和兽电战队强龙者的加入，正义战士们的对决变得愈加扑朔迷离…