本作讲述了池田屋事件后铁之助在新撰组的生活以及在平静生活假象之下暗暗涌动的时代浪潮。日本将迎来一次惊天动地的变革，时代将掀起巨大的浪潮，所有人包括故事的主角们将无一例外地被时代的洪流所淹没……幕末，新撰组即将颠覆，明治维新的曙光开始闪现，是去是留，是生是死，每个人都到了选择的时刻。
鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和鹿丸三人进入深山寻找走失的雪貂，在回来的路上，他们遭到全副武装的骑士团的袭击。在激烈的对抗中，鸣人和对方的白甲头目特穆金一同跌落悬崖，两人被刚巧路过的商队所救。一路上，两个对手慢慢开始了解，继而得知特穆金要建立一个没有战争和灾难的乌托邦，而鸣人具有的神奇力量正是他们所需要的。与此同时，鹿丸则和小樱目击到一个巨型堡垒，他们发现堡垒四周满是穿着铠甲的武士。鹿丸偷偷潜入侦查，看见一群被禁锢在容器中的小孩，并听到关于吉鲁遗产的谈话。这与特穆金之间究竟有什么样的关联？ 本片为《火影忍者》第二部剧场版动画。
